Pozostawała prywatną kaplicą kolejnych wielkich mistrzów, aż do czasu przeniesienia przez zakon swojej siedziby do Valletty w 1571.
Wtedy też kaplica straciła na znaczeniu, lecz wciąż była używana przez załogę fortu jako miejsce kultu, aż do zajęcia Malty przez Francuzów w 1798. W XIX wieku, kiedy Malta była pod władzą Brytyjczyków, budynek kaplicy był wykorzystywany jako skład broni i amunicji, a w 1882 została przekształcona w szkołę.left|140px|thumb|Flagi Zakonu i Malty powiewające nad „górnym fortem”. Po prawej figura św. Jana Chrzciciela stojąca na placu przed kaplicąDo lat 20. XX wieku kaplica wciąż nie pełniła swej podstawowej roli, później zaś została rekonsekrowana jako kaplica anglikańska dla brytyjskiego personelu morskiego stacjonującego w forcie. Po II wojnie światowej została znów przekształcona w świątynię katolicką dla Maltańczyków pracujących w forcie, dla całego społeczeństwa była otwarta corocznie 8 września w Victory Day. Fort Saint Angelo pozostawał w rękach brytyjskich do 1979, po tym czasie kaplica została zamknięta.