Na tyłach kaplicy znajdują się schody prowadzące do piwnic pod kaplicą, gdzie znajdują się dwa duże, ciemne pomieszczenia, jedno pod drugim. Jest to stara krypta, na której zbudowano obecną kaplicę.
Wnętrze left|thumb|180px|Wnętrze kaplicy z ołtarzem głównym Wewnątrz budynku znajduje się duża nawa i kilka ołtarzy. Jego sklepienie jest typowe dla architektury maltańskiej z XV wieku. Jest ono podtrzymywane przez różową granitową kolumnę, której materiał pochodzi z Egiptu, i która mogła być częścią starszej od kaplicy antycznej świątyni. Mówi się, że kolumna ta została wydobyta z dna morza. Podłoga kaplicy pokryta jest płytami. W aneksie po prawej stronie kaplicy znajdują się dwa drewniane ołtarze, jeden z dużym krucyfiksem, a drugi z drewnianą figurą przedstawiającą św. Annę z małą Maryją na kolanach. Po każdej stronie posągu jest herb wyryty w ścianie. Na frontowej ścianie tego aneksu stara tablica z marmuru upamiętniająca wielkiego mistrza Philippe’a Villiersa de L’Isle Adam. Obok tablicy dwie figury, o wysokości około 1 metra, przedstawiające św. Jana Chrzciciela i św. Juliana. thumb|160px|Granitowa kolumna, która, jak się uważa, jest starsza od kaplicyOłtarz główny kaplicy znajduje się w swego rodzaju apsydzie, której sklepienie stanowi coś w rodzaju płaskiej kopuły. Sam ołtarz stoi w płytkiej wnęcej zakończonej łukiem.