W 2003 roku rozpoczęto remont przystosowując budynek dla Narodowego Muzeum Sztuk Pięknych.
Narodowe Muzeum Antropologiczne Narodowe Muzeum Antropologiczne wcześniej nosiło nazwę Muzeum Ludu Filipińskiego mieści się w dawnej siedzibie Wydziału Finansów. projekt przystosowania gmachu na potrzeby Narodowego Muzeum Antropologicznego przygotowała firma Lord Cultural Resources. Muzeum zostało otwarte w czerwcu 1998 roku i pełniło funkcję centrum obchodów stulecia niepodległości Filipin.
Narodowe Muzeum Historii Naturalnej Neoklasycystyczny budynek kompleksu muzealnego w którym mieścił się Departament Turystyki został w latach 30. XX wieku zaprojektowany przez Antonio Toledo. W 2013 roku Rada Powiernicza Muzeum Narodowego ogłosiła konkurs na projekt renowacji budynku. Wygrał go projekt przygotowany przez Dominic Galicia Architects i Periquet Galicia Inc. Założeniem przebudowy było zachowanie oryginalnych elementów. Podczas przebudowy na dziedzińcu dobudowano nowoczesną szklaną kopułę podtrzymywaną przez Drzewo Życia. W pniu drzewa umieszczono windę dzięki której można dostać się na wyższe pietra budynku. Muzeum Historii Naturalnej zostało otwarte w maju 2018 roku.