W 1942 roku założono profesjonalną ligę gwatemalską, Liga Nacional, do której Universidad dołączył dwa lata później. Występował w niej najpierw w latach 1944–1947, a następnie w latach 1952–1978. Wywalczył wówczas największy sukces w swojej profesjonalnej historii w postaci wicemistrzostwa Gwatemali (1956). W 1972 roku Universidad Nacional zajął ostatnie miejsce w tabeli, lecz wykupił miejsce w pierwszej lidze i uniknął relegacji. W 1976 roku zmienił nazwę na Universidad, a niedługo potem zaczął być określany przeważnie jako USAC. Trzeci pobyt klubu w pierwszej lidze miał miejsce w latach 1998–2001, dzięki zakupieniu licencji zespołu Tally Juca. Od 1998 uczelnia USAC zarządza klubem za pośrednictwem jednostki prawnej Fundación Amigos de la USAC.
W latach 2001–2009 USAC występował w drugiej lidze gwatemalskiej. W 2008 roku wywalczył awans do Liga Nacional, po pokonaniu w dwumeczu barażowym Heredii (3:2, 2:3, 4:3 po rzutach karnych). Po odwołaniu rywali (USAC wystawił dwóch nieuprawnionych graczy) pierwszy mecz zweryfikowano jako walkower dla Heredii, wobec czego USAC pozostał w drugiej lidze.