Już wcześniej uchodził za nieformalnego patrona Czech, a jego kult rozprzestrzenił się na sąsiednie ziemie, zwłaszcza Śląsk.
Jego wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 21 maja.
Ikonografia W ikonografii święty przedstawiany jest w stroju kapłańskim, w sutannie, rokiecie, birecie. W ręku palma męczeńska; krucyfiks, niekiedy trzyma palec na ustach, symbol zachowanej tajemnicy spowiedzi.
Jego atrybutami są: klucz, książka, kłódka, krzyż w ręce, zapieczętowany list, most (z którego został zrzucony), pieczęć, wieniec z pięciu gwiazd (w środku napis tacui – milczałem), woda, zamek.
Patronat Jest patronem jezuitów, Pragi, spowiedników, szczerej spowiedzi, dobrej sławy i tonących oraz orędownikiem podczas powodzi. Jest także patronem mostów.
Według tradycji ludowej był świętym, który chronił pola i zasiewy przed powodzią, ale również i suszą. Dlatego figury Jana Nepomucena (nepomuki) można spotkać jeszcze dzisiaj przy drogach w sąsiedztwie mostów, rzek, ale również na placach publicznych i kościelnych oraz na skrzyżowaniach dróg.
Pomniki