Po zatrzymaniu krążenia aorta i pień tętnicy płucnej są przecinane tuż powyżej spoideł ich zastawek. Następuje kontrola anatomii naczyń wieńcowych i wycięcie ich ujść z marginesem otaczającej tkanki aortalnej oraz oddzielenie ich proksymalnych odcinków od ściany serca. Po wykonaniu tzw. manewru LeCompte’a, który przywraca przednie położenie pnia płucnego w stosunku do tylnego położenia aorty, dokonuje się reimplantacji ujść tętnic wieńcowych do tzw. neo-aorty (dawna opuszka pnia płucnego) i zespolenia aorty z neo-aortą. Następnie po odpowietrzeniu serca i aorty ponownie włącza się krążenie pozaustrojowe i ogrzewa chorego. Równolegle wykonuje się zespolenie pnia płucnego z byłą opuszką aortalną z użyciem łaty z osierdzia chorego, lub bez. Następnie przeprowadza się kontrolę ewentualnego krwawienia, serce zaopatrywane jest w tymczasowe elektrody nasierdziowe, zakładane są dreny do worka osierdziowego i jam opłucnych.
Po ogrzaniu pacjenta, jeżeli stan krążeniowo-oddechowy jest zadowalający, odłącza się sztuczne płucoserce, zamyka klatkę piersiową i przenosi chorego na oddział intensywnej terapii.