glutamicum wykryto obecność 22 plazmidów.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/plasmids/469/Część z nich tak jak plazmidy R: pAG1, pCG4, pTET3 i pXZ10145 zawierają geny warunkujące antybiotykooporność przeciwko tetracyklinie (geny tet(Z) i tet(33)), streptomycynie (geny aadA2 i aadA9), chloramfenikolu i sulfonamidom.
Do cech charakterystycznych genomu należy obecność regionów HGC1, regionu o długości ok. 20 kbp o wysokiej zawartości GC (66%) oraz LGC1, regionu o stosunkowo niskiej zawartości GC (41–49%). W genomie C. glutamicum wykryto również co najmniej 24 elementy insercyjne, które mogły zostać przeniesione w wyniku transferu horyzontalnego. Elementy te najczęściej znajdują się na granicach regionów wyróżniających się zawartością GC, np. HGC1.
Badania porównawcze, podczas których analizowano kolejność ułożenia genów wykazały duży stopień podobieństwa pomiędzy trzema gatunkami z rodzaju Corynebacterium (C. glutamicum, C. efficiens i C. diphtheriae). Możliwą przyczyną tej wyjątkowej stabilności genetycznej jest brak genów recBCD kodujących rekombinacyjny system naprawczy.