Jego tonalny charakter wyróżnia go pośród języków austronezyjskich. Geneza tej cechy nie została ustalona, być może jest to pozostałość po pierwotnym papuaskim podłożu językowym na wyspach Raja Ampat. Alternatywna hipoteza zakłada, że wykształcił tony wskutek historycznych kontaktów z grupami papuaskimi. System tonalny ma’ya, a także spokrewnionego języka matbat, przypomina ten znany z języka mpur (z półwyspu Ptasia Głowa).
Według lokalnej tradycji ludność Ma’ya (zamieszkująca wyspy Waigeo, Salawati i Misool) wywodzi się z zachodniego Waigeo i przybyła z rejonu zatoki Kabui.
Potencjalnie zagrożony wymarciem, podobnie jak pozostałe rodzime języki Raja Ampat. Intensywność użycia języka ma’ya i innych języków regionu różni się w zależności od wyspy i miejscowości. Na wyspie Misool, stosunkowo oddalonej od miasta Sorong, ma’ya stanowi rodzimy język kilku dużych wsi (Fafanlap, Lilinta, Gamta, Yellu, Waigama), przy czym w Yellu i Waigama (oraz w Harapan Baru) zaczął konkurować z lokalnym malajskim, do czego przyczynia się obecność ludności napływowej.