Teren, na którym zbudowano Shadwell Basin, był pierwotnie siedzibą przedsiębiorstwa Shadwell Waterworks Company, które rozpoczęło działalność w 1669, aby zapewnić zaopatrzenie w wodę na wschód od Tower of London. Wkrótce po otwarciu Western Docks, Shadwell Waterworks Company została zakupiona przez London Dock Company. Doki londyńskie zamknięto w 1969. W ciągu następnych dziesięcioleci większość z nich została zasypana. Shadwell Basin jest główną ich częścią, która dochowała się do obecnych czasów.
Przy basenie znajdował się Prospect of Whitby, który według podań może być najstarszym londyńskim pubem nad rzeką, pochodzącym z około 1520. Pierwotnie pub nosił nazwę The Pelican, a aleja i schody prowadzące do rzeki znajdowały się z boku pubu (nadal noszą one nazwę Schody Pelikana). Pub był również nazywany Diabelską Tawerną ze względu na swoją reputację (na schodach mieli się gromadzić przemytnicy i złodzieje). Nazwa została zmieniona na Prospect of Whitby pod koniec XVIII lub na początku XIX wieku.
W czasie II wojny światowej i krótko po niej w wodach basenu cumowały okręty podwodne, m.in. HMS „Otway” i „Osiris”.