Latem 2007 po zakończeniu sezonu Babić odszedł na zasadzie wolnego transferu do hiszpańskiego Realu Betis. W 2008 roku wyznał, że mógł przejść do Bolton Wanderers, ale wolał powalczyć o grę w Betisie. Zimą 2009 powrócił do Niemiec i występował w Hercie Berlin. W sezonie 2009/2010 był zawodnikiem Realu Saragossa. W 2010 roku wrócił do NK Osijek po 10 latach. W 31 stycznia 2013 trafił do austriackiego LASK Linz, po sezonie ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
Do największych sukcesów Babicia na arenie klubowej należą: finał Ligi Mistrzów w 2002, finał Pucharu Niemiec w 2002 oraz wicemistrzostwo Niemiec w 2000 oraz 2002 roku. Wszystko to osiągnięte z Bayerem 04 Leverkusen.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997/98 NK Osijek
Prva HNL 1 0 1998/99 NK Osijek
Prva HNL 2 0 1999/00 NK Osijek
Prva HNL 13 0 2000/01 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 3 0 2001/02 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 3 0 2002/03 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 25 3 2003/04 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 32 5 2004/05 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 29 1 2005/06 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 27 1 2006/07 Bayer 04 Leverkusen
Bundesliga 25 2 2007/08 Real Betis
Primera División 10 0 2008/09 Real Betis
Primera División 2 0 2008/09 Hertha BSC
Bundesliga 8 0 2009/10 Real