Siedziba Siedzibą patriarchatu była początkowo perska stolica Seleucja–Ktezyfon. W IX wieku patriarcha przeniósł się do Bagdadu po czym osiadał w innych miastach na terenie współczesnego Iraku, takich jak Tebriz czy Mosul. W wyniku podziałów w XVI i XVII wieku doszło do powstania Chaldejskiego Kościoła Katolickiego z własną hierarchią. Obydwaj patriarchowie często zmieniali siedziby, podróżując po Bliskim Wschodzie. Współcześnie siedzibą Chaldejskiego Patriarchy Babilonu jest Bagdad. W XIX wieku patriarcha nie unickiego odłamu, zwanego już Asyryjskim Kościołem Wschodu osiadł we wsi Konak na terenie obecnej Turcji. W XX wieku w wyniku licznych prześladowań i częstej migracji Asyryjczyków do krajów Zachodnich, zwłaszcza do Stanów Zjednoczoncyh, Patriarcha przeniósł się do Chicago. We wspólnotach pozostających na Bliskim Wschodzie doszło do kolejnego rozłamu i w 1968 roku obrali oni własnego patriarchę, nazywając się Starożytnym Kościołem Wschodu. Po dziś dzień siedzibą jego zwierzchnika jest Bagdad.