Senat zatwierdził go na tym stanowisku 11 sierpnia.

Już po dwóch miesiącach pracy musiał stawić czoło pierwszemu kryzysowi (czarny poniedziałek w 1987 r.).

18 maja 2004 został bezprecedensowo nominowany przez George’a W. Busha po raz piąty na szefa Rezerwy Federalnej. Łącznie to stanowisko zajmował podczas rządów czterech prezydentów – Ronalda Reagana, George’a H.W. Busha, Billa Clintona oraz George’a W. Busha.

Jako szef Rezerwy Federalnej Greenspan zakończył urzędowanie 31 stycznia 2006. Jego następcą został Ben Bernanke. Swoje wspomnienia, obserwacje i analizy spisał w autobiograficznej książce Era zawirowań.

Ocena działalności w Fed Zwolennicy polityki Alana Greenspana jako szefa Fed uważają, że dzięki przemyślanej polityce pieniężnej Stany Zjednoczone przeżywały jeden z najlepszych okresów prosperity w swojej historii, pomimo poważnych zagrożeń, takich jak wydarzenia 11 września 2001 roku.

Krytycy uważają, że polityka interwencji Fed w czasie kryzysów, takich jak np. upadek , sztucznie podtrzymywała zaufanie inwestorów do hossy, kosztem jednak zwiększonej podaży pieniądza.