W pracy akademickiej specjalizował się w ekonomicznej analizie przyczyn kryzysu z lat 1929–1933, których upatrywał, podobnie jak Milton Friedman, głównie w błędnej polityce monetarnej banków centralnych.
W marcu 2005, na kilka miesięcy przed objęciem funkcji przewodniczącego CEA wygłosił wykład, w którym argumentował, że to międzynarodowe czynniki ekonomiczne (w szczególności, globalny przerost oszczędności – ang. global savings glut) są główną przyczyną nierównowagi bilansu płatniczego Stanów Zjednoczonych. Wykład był kontrowersyjny, ponieważ wielu ekonomistów uważało, że przyczyną są wydatki rządowe i cięcia podatków wprowadzone przez administrację George’a Busha. Między innymi z tego powodu uważano, że jak na potencjalnego szefa Fed (który powinien być niezależny politycznie), Bernanke jest zbyt mocno związany z Bushem.
24 października 2005 prezydent George W. Bush wyznaczył go na następcę Alana Greenspana, Przewodniczącego Rady Gubernatorów Systemu Rezerwy Federalnej Stanów Zjednoczonych.