W styczniu 2017 Vargas został ściągnięty do drużyny Deportivo Guastatoya przez trenera Amariniego Villatoro, który dostrzegł jego talent w drugiej lidze. Od razu został kluczowym piłkarzem formacji ofensywnej, tworząc bramkostrzelny duet napastników z Ángelem Rodríguezem. Wraz z Guastatoyą wywalczył mistrzostwo Gwatemali (Clausura 2018), pierwsze w historii klubu. Jego udane występy zaowocowały zainteresowaniem ze strony meksykańskiego drugoligowca Cafetaleros de Tapachula, a jego rodak Carlos Ruiz polecił go do amerykańskiego Las Vegas Lights FC. Ostatecznie zdecydował się na powrót do swojego macierzystego Comunicaciones FC, z którym zdobył tytuł wicemistrza Gwatemali (Apertura 2018).
W styczniu 2020 ogłoszono, że Vargas zostanie piłkarzem ówczesnego mistrza kraju, CSD Municipal. Transfer został odebrany przez media i kibiców jako bardzo kontrowersyjny, gdyż Municipal pozostaje odwiecznym i derbowym rywalem Comunicaciones. Zatrudnieniem piłkarza interesował się wówczas też peruwiański Deportivo Municipal. Ostatecznie gwatemalski Municipal anulował transfer, gdyż kilka dni wcześniej Vargas podpisał umowę z Deportivo Guastatoya. Zawodnikowi groziła dyskwalifikacja za podpisanie kontraktów równocześnie z dwoma klubami, lecz ostatecznie dołączył on do Guastatoyi.