Pojawiły się zarzuty, które postulowały wynik wyboru jako polityczny i finansowy. Przeobrażenia polityczne na świecie w latach 90 XX wieku spowodowały osłabienie Układu Warszawskiego i spadek możliwości otwartego konfliktu. Pojawiające się lokalne konflikty, które odbywają się na krótkich dystansach w kwestii walk powietrznych co przeważyło nad wybraniem tańszego rozwiązania.
Umowa na rozpoczęcie produkcji seryjnej podpisana została 2 sierpnia 1991 roku. Z testowanych dwóch prototypów koniecznym był wybór ostatecznej wersji napędu. Do lipca 1995 roku planowane było zbudowanie prototypów produkcyjnych. Pierwsze seryjne F-22 miały zostać ukończone w 1999 roku.
W 1992 roku, podczas lotu doświadczalnego, pierwszy prototyp rozbił się podczas lądowania w Bazie Sił Powietrznych w Kalifornii. Pilot doświadczalny Tom Morgenfeld nie doznał żadnych obrażeń. Przyczyna wypadku została określona jako błąd oprogramowania sterującego lotem.
Prototypy W maju 1993 roku podjęta została decyzja o niekonstruowaniu osobnej wersji myśliwsko-uderzeniowej, a jedynie przystosowaniu gotowych podzespołów. W 1995 roku zmniejszono planowane zamówienia do 442 egzemplarzy (z 648). Pierwszy samolot miał zostać wysłany do odbioru w 1997 roku i osiągnąć gotowość operacyjną w 2005.