Federacja Gwatemali została dwukrotnie zawieszona w prawach członka przez FIFA. W tym czasie wszystkie gwatemalskie reprezentacje i kluby nie mogły brać udziału w rozgrywkach międzynarodowych, a federacja nie otrzymywała dotacji od FIFA i nie dysponowała prawem głosu podczas kongresów FIFA: 9 stycznia 2004 Komitet FIFA ds. Nagłych zawiesił FEDEFUT z powodu interwencji rządu w funkcjonowanie federacji. 23 grudnia 2003 podległa rządowi Gwatemali Niezależna Komisja Sportu zajęła siedzibę FEDEFUT, zabraniając wstępu do budynku prezesowi FEDEFUT José Mauricio Caballerosowi (wybranemu we wrześniu 2003 na kolejną, czteroletnią kadencję) i podległej mu administracji. Niezależna Komisja Sportu powołała również komitet normalizacyjny i odebrała mandat prezesa Caballerosowi. Już kilkanaście dni później, po opanowaniu sytuacji, zawieszenie zniesiono. 28 października 2016 Komitet FIFA ds. Nagłych zawiesił FEDEFUT za odmowę przedłużenia kadencji komitetu normalizacyjnego ustanowionego przez FIFA 18 grudnia 2015, który miał zarządzać sprawami federacji w związku z aferą korupcyjną FIFA (w wyniku afery zatrzymano trzech