To dzieło, wskazujące na zagrożenie tureckie, było dużym sukcesem wydawniczym i przyniosło Negriemu sławę. Potem napisał swoje najważniejsze dzieło Tragedia del libero arbitrio (Tragedia wolnej woli, 1545), będące atakiem na katolicyzm i instytucję papiestwa.
W Szwajcarii W 1538 Negri przeniósł się do miasta Chiavenna w Gryzonii, gdzie pracował jako prywatny nauczyciel i napisał podręcznik gramatyki łacińskiej oraz poemat heksametrowy Rhetia sive de situ et moribus Rhetorum (1547).
W Chiavennie Negri uwikłał się w spory doktrynalne miejscowego zboru kalwińskiego; sam Negri był oskarżany o anabaptyzm. Usiłował te zarzuty oddalić publikując wyznanie wiary w boską naturę Chrystusa i skuteczność dwóch sakramentów: chrztu i Eucharystii, posuwając się nawet do głoszenia wiecznego dziewictwa Marii. Faktycznie w 1555 Negri wziął udział w synodzie anabaptystów w Wenecji i podpisał się pod ich doktryną. Może to wskazywać na skłanianie się Negriego do antytrynitaryzmu, chociaż nie skutkowało to zerwaniem z kalwinizmem. Ostatnie lata w Szwajcarii Negri poświęcił na tłumaczenie dzieł teologów reformacyjnych, pisanie podręczników gramatycznych i dzieł religijnych np.