Od tego czasu bardziej niepokojące wizje Siostry Benedetty ustały, ale nadal miała ona przyjmować nadprzyrodzone istoty.
Zwróciło to uwagę papiestwa kontrreformacyjnego, zdecydowanego podporządkować sobie potencjalnie kłopotliwych mistyków, jeśli wykażą jakiekolwiek oznaki niezależnej lub heretyckiej duchowości. Chociaż złożyli trzy do czterech wizyt w klasztorze, dopiero po przesłuchaniu siostry Bartolemei odkryli, że Benedettę i Bartolemeę łączyły stosunki seksualne. Bartolomea zeznała, że Benedetta uprawiała z nią seks niepenetratywny, twierdząc, że jest opętana przez anioła (uznanego potem przez księży za demona) płci męskiej o imieniu Splenditello.
Według Brown, to nie homoseksualność Benedetty doprowadziła do jej ostatecznego upadku i zamknięcia w odosobnieniu, tylko jej egotyzm i żądza wpływu jako mistyczki. Samo świadectwo Bartolemei wystarczyło, aby Benedetta została pozbawiona prymatu matki przełożonej i była trzymana pod strażą przez pozostałe 35 lat jej życia. Zmarła w 1661 roku. Siostra Bartolomea zmarła rok wcześniej w 1660 roku.