Dalsze studia kontynuował na Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, aby w 1981 r. uzyskać tam stopień doktora teologii. W roku 1982 został przeniesiony na wikariat do Muchówki koło Bochni, gdzie 4 lipca 1983 roku objął probostwo.
Proboszczem w Muchówce był zaledwie trzy lata, do czasu powołania go do pracy dydaktyczno-naukowej w Papieskiej Akademii Teologicznej. Stopień naukowy doktora habilitowanego nadała mu Rada Wydziału Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie w dniu 12 czerwca 1990 r. W roku 1991 objął Katedrę Historii Kultury Religijnej. W roku 1992 został powołany na stanowisko docenta na Wydziale Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. W latach 1991–1994 był dziekanem Wydziału Historii Kościoła. W roku 1997 Katedra Historii Kultury Religijnej została z jego inicjatywy przemianowana na Katedrę Dziejów Teologii i Kultury Religijnej. W latach 1993–2001 był członkiem Rady Naukowej Instytutu Teologicznego w Tarnowie.