Autorzy zaliczyli nowy gatunek do podrodzaju nominatywnego w rodzaju Cryptops. Zarówno ten podrodzaj jak i inne podrodzaje z rodzaju Cryptops obejmują różne gatunki troglobiontyczne i troglofilne, przystosowane do życia w jaskiniach. Molekularna analiza filogenetyczna ujawniła, że przodkiem C. speleorex jest żyjący również współcześnie parafiletyczny gatunek C. anomalans. Takson ten jest szeroko rozprzestrzeniony w Europie i występuje również u wlotu jaskini Movile, nie docierając jednak to jej afotycznej strefy. W analizie uwzględniono osobniki C. anomalans z różnych stanowisk w Europie i jej wyniki wskazują na siostrzaną pozycję C. speleorex dla kladu obejmującego populację C. anomalans z południowej Rumunii i Serbii. Różnice genetyczne pomiędzy C. speleorex a owym kladem wynoszą 9,2–12,2% w przypadku sekwencji mtDNA kodującej podjednostkę I oksydazy cytochromu c oraz 6,6–8,7% w przypadku sekwencji rDNA kodującej 16S rRNA. Przypuszczalnie zjawisko kryptycznej specjacji występuje szerzej u C. anomalans, jednak brak danych na temat miejsca typowego utrudnić może jego rewizję taksonomiczną.