Powstanie budynku zostało zainspirowane przez projektantkę wnętrz i właścicielkę galerii, Heidi Weber. Była ona wieloletnią przyjaciółką architekta, poznawszy go za pośrednictwem wspólnej znajomej, architekt Eileen Gray. Przekonała Le Corbusiera do zaprojektowania tego budynku w 1960. Sfinansowała jego budowę z własnych środków i mimo wielu trudności doprowadziła projekt do końca. Otwarła go 15 lipca 1967, jako Centre Le Corbusier – Heidi Weber Museum. Weber pozostawała kuratorką muzeum przez pięćdziesiąt lat. W tym okresie zorganizowała liczne wystawy, w tym takie, które popularyzowały idee Le Corbusiera jako syntezę życia i sztuki. Od 2019 pawilon jest prowadzony jako muzeum publiczne przez Museum für Gestaltung, na zlecenie miasta Zurych. Jego generalny remont odbył się w latach 2017–2019. Renowację zlecono architektom Silvio Schmedowi i Arthurowi Rüeggowi. Za 5,4 miliona franków przywrócono budynkowi oryginalny wygląd.