Ponadto pomiędzy największymi rzekami i wzdłuż niektórych płynących przez tereny bagienne, utworzono kanały żeglugowe (), takie jak Keleti-főcsatorna, łączący Cisę z Berettyó, czy Dunavölgyi-főcsatorna, prowadzący wody wzdłuż Dunaju w regionie Międzyrzecza Dunaju i Cisy. Największe zagęszczenie sieci rzecznej występuje na terenach nizinnych Kotliny Panońskiej (Mała i Wielka Nizina Węgierska). W obrębie Karpat i Kraju Zadunajskiego sieć rzeczna jest bardziej skąpa, a ponadto przez obszary te nie płynie wiele rzek o znaczących wielkościach przepływu.
Geneza W neogenie niemal na całym obszarze dzisiejszych Węgier rozciągało się zamknięte Morze Panońskie. Największą rzeką uchodzącą do niego był Dunaj, którego ujście znajdowało się wówczas na południu obecnego Kraju Zadunajskiego, a w dolnym biegu jego wody płynęły wzdłuż obecnej doliny Drawy. W późnym pliocenie, w wyniku fałdowań orogenezy alpejskiej Morze Panońskie zaczęło stopniowo zanikać, formując dzisiejszy teren Kotliny Panońskiej, a Dunaj zmienił bieg w północno-zachodnich Węgrzech na zbliżony do obecnego. Powstał wówczas m.in.