Prześladowanie chrześcijan w Japonii – działania represyjne władz Japonii wobec wyznawców chrześcijaństwa w okresie od XVI wieku do drugiej połowy XIX wieku.
Wprowadzenie chrześcijaństwa w Japonii 15 sierpnia 1549 św. Franciszek Ksawery z zakonu jezuitów wysiadł wraz z kilkoma towarzyszami w japońskim porcie Kagoshima na wyspie Kiusiu. W ciągu ponad 2 lat święty nawrócił około 3 tysięcy Japończyków. Duchowni katoliccy zwykle starali się konwertować na katolicyzm pana feudalnego (daimyō), a za jego przykładem podążali poddani. W 1582 w Japonii było już ponad 200 000 wiernych i 250 kościołów (zwanych namban-ji). W ciągu kolejnych 10 lat misjonarze ochrzcili dalsze 65 000, co dało łącznie ok. 300 000 wiernych i 134 zakonników. thumb|200px|Pomnik św. Franciszka Ksawerego w Kagoshimie