Joachim Mrugowsky (ur. 15 sierpnia 1905 w Rathenow, zm. 2 czerwca 1948 w Landsberg am Lech) – niemiecki lekarz, zbrodniarz hitlerowski, dyrektor (Leiter) Instytutu Higieny Waffen-SS oraz SS-Oberführer.
Życiorys Urodzony w Rathenow w rodzinie lekarza. W 1925 rozpoczął studia medyczne w Halle. Studia te ukończył w 1931, zostając doktorem medycyny. W 1933 został asystentem w Instytucie Higieny na Uniwersytecie w Halle, zaś we wrześniu 1944 profesorem medycyny, wykładał higienę i bakteriologię na Uniwersytecie w Berlinie.
Od 1930 rozpoczęły się jego związki z NSDAP. Przed wstąpieniem do partii nazistowskiej był przywódcą lokalnego Narodowosocjalistycznego Związku Niemieckich Studentów. W 1931 stał się członkiem SS. Od 1934 do 1936 współpracował z SD. W 1940 brał udział w walkach na froncie zachodnim jako lekarz Dywizji SS „Das Reich”.
W 1943 został mianowany dyrektorem Instytutu Higieny Waffen-SS.