Batalion stołeczny był jednostką mobilizującą. Zgodnie z planem mobilizacyjnym „W” dowódca batalionu był odpowiedzialny za przygotowanie i przeprowadzenie mobilizacji trzech jednostek mobilizowanych, a mianowicie batalionu stołecznego oraz dwóch batalionów wartowniczych nr 12 i 14. Batalion stołeczny mobilizował się w alarmie, w grupie jednostek oznaczonych kolorem żółtym, w czasie A+20, w dniu 24 sierpnia. Natomiast oba bataliony wartownicze w I rzucie mobilizacji powszechnej, odpowiednio czwartego i piątego dnia mobilizacji powszechnej.
Batalion stołeczny miał być formowany według organizacji wojennej L.3011/mob.org., ukompletowany zgodnie z zestawieniem specjalności L.3011/mob.AR oraz uzbrojony i wyposażony zgodnie z wojennymi należnościami materiałowymi L.3011/mob./mat. Organizacja wojenna batalionu stołecznego została zatwierdzona 12 stycznia 1937 przez szefa Sztabu Głównego gen. bryg. Wacława Stachiewicza. W skład batalionu na stopie wojennej wchodziło dowództwo, pluton gospodarczy i cztery kompanie strzeleckie. Każda z czterech kompanii strzeleckich posiadała poczet dowódcy, sekcję granatników, trzy plutony strzeleckie, pluton karabinów maszynowych oraz drużynę gospodarczą.