Nocą 26/27 września artyleria niemiecka nękała ostrzałem stanowiska bstoł. 27 września nad ranem po silnym przygotowaniu artyleryjskim nastąpiło natarcie niemieckiej piechoty na stanowiska 4 kompanii strzeleckiej. Kompania została wyparta ze swoich stanowisk. Przygotowany kontratak Lotniczego Oddziału Szturmowego i kompanii czołgów lekkich kpt. Grąbczewskiego, dla wsparcia batalionu stołecznego, został odwołany z uwagi na zawieszenie broni. 28 września batalion stołeczny rozpoczął schodzenie z odcinka obrony z uwagi na obowiązującą kapitulację. W czasie walk w obronie stolicy baon stracił prawie 50% stanów, w tym 8 oficerów.
Batalion po kapitulacji stolicy Większość batalionu stołecznego, po złożeniu broni odmaszerowała wieczorem 29 września w kierunku Woli do niewoli niemieckiej. Na miejscu w Warszawie został wyznaczony silny pluton do zadań asystencyjnych Dowództwa Obrony Warszawy, pod dowództwem kpt. Zygmunta Szczygielskiego, oficera mobilizacyjnego bstoł. Pluton ten pełnił służbę wartowniczą i patrolową dbał o bezpieczeństwo w interesie Dowództwa Obrony Warszawy w trakcie rozmów ze stroną niemiecką przez oficerów DOW, na czas realizacji umowy kapitulacyjnej. Uzbrojony był w karabiny z 5 nabojami i bagnety. Kwaterował w restauracji Florianka przy ul. Mazowieckiej.