Począwszy od 16 maja 1945 roku śledztwu podlegały nie tylko zbiorowe rezygnacje, ale też doniesienia o nielegalnym handlu alkoholem pomiędzy RAAF a personelem amerykańskim stacjonującym na wyspie. Chociaż zakres uprawnień Barry’ego obejmował tylko 1st TAF, dochodzenie dostarczyło również dowodów na nieprawidłowości w wyższym dowództwie Sił Powietrznych, które mogły przyczynić się do problemów strukturalnych i moralnych na Morotai, zwłaszcza zaciekłego i długotrwałego sporu pomiędzy Jonesem a Bostockiem w sprawie podziału kontroli operacyjnej i administracyjnej RAAF na Pacyfiku.