Po tych rozmowach Bostock poinformował Jonesa, że morale w 1st TAF są na „niebezpiecznie niskim poziomie” i zalecił, aby Jones zwolnił Cobby’ego i zastąpił go Air Commodore Frederickiem Schergerem. Jones uznał akcję pilotów za „absurdalną”, ponieważ oficerowi nie przysługiwało uprawnienie do zrezygnowania ze służby w czasie wojny, ale udał się na Morotai ze swojej siedziby w Melbourne, aby osobiście zbadać sprawę. Przeprowadził tam wywiady z pilotami, oświadczając później: „Wierzyłem, że wszyscy byli szczerzy w tym, co mówili i co próbowali zrobić […] Ich szczerze wyznawane przekonania, nieważne jak nieuzasadnione, były raczej wyrazem przesadnego poczucia obowiązku narodowego”.
Kenney również zaangażował się w sprawę po poinformowaniu go o sytuacji przez Bostocka. Nalegał, aby porozmawiać bezpośrednio z samymi pilotami w sprawie protestu Jonesa, dlatego że jest to wewnętrzna sprawa dyscyplinarna RAAF. Podczas wizyty na Morotai, dokąd przybył z jego kwatery głównej w Manili, Kenney próbował przekonać oficerów do ponownego rozważenia zajętego stanowiska, ale ci ponownie odmówili. Kenney zgodził się z Bostockiem, że Cobby powinien zostać zastąpiony przez Schergera, jednocześnie deklarując, że gdyby piloci stanęli przed sądem wojennym, on stanie w ich obronie. Dowódca I Korpusu Australian Army, gen. por.