Drużyna juniorów młodszych (rocznik 2001–2002) grała na co dzień w lidze wojewódzkiej, gdzie kolscy młodzi piłkarze mają możliwość pojedynków z rówieśnikami z zespołów całego województwa wielkopolskiego, m.in. Lecha Poznań, Warty Poznań czy Górnika Konin. Młodsze drużyny rywalizują w rozgrywkach prowadzonych przez Okręgowy Związek Piłki Nożnej w Koninie, gdzie w sezonie 2017/2018 do rozgrywek zostało zgłoszonych aż 15 drużyn w 9 kategoriach wiekowych.
Sezon 2018/2019 MKS Olimpia Koło występuje na poziomie IV ligi wielkopolskiej (V poziom rozgrywek). IV liga została zreformowana i z dwóch IV lig: północnej i południowej została utworzona jedna liga, tak aby podnieść poziom i atrakcyjność rozgrywek.
PZPN wprowadził jednocześnie program PRO JUNIOR SYSTEM, gdzie celem tego systemu jest przede wszystkim promowanie i wspieranie jakości szkolenia w klubach. Kluby gromadzić będą punkty za występy młodzieżowców i wychowanków w zespołach seniorskich.
W obecnym sezonie 2018/2019 w rozgrywkach udział brała rekordowa ilość drużyn. Barwy Miejskiego Klubu Sportowego reprezentowało aż 15 drużyn, w tym IV-ligowa drużyna seniorów.