W 1984 roku został zwolniony z huty, zaaplikował do Graduate School of Education na Harvard University. Pomimo braku dyplomu licencjata został przyjęty. W 1985 roku uzyskał na tej uczelni tytuł magistra. Następnie został zatrudniony jako wykładowca na Harvardzie i rozpoczął pracę nad doktoratem, który otrzymał w 1994 roku. Doktorat został opublikowany w 1995 w postaci książki pod tytułem „How the Irish Became White”, która stała się jego najbardziej wpływową pracą. Jej tematem były postawy imigrantów z Irlandii. W książce argumentował, że rasa jest konstruktem społecznym, a nie kategorią biologiczną. Imigranci z Irlandii początkowo nie byli postrzegani jako biali w USA. W Wielkiej Brytanii traktowano ich jako podrzędną rasę. Po przybyciu do USA wielu Irlandczyków przyjaźnie odnosiło się do czarnych mieszkańców kraju. Z czasem zaczęli jednak być traktowani jako biali, jednak wiązało się to ze zmianą ich postaw wobec czarnych.
W 1992 roku założył czasopismo „Race Traitor”, publikował je do 2005 roku. Motto pisma brzmiało: „Zdrada białości to wierność człowieczeństwu”. Zdaniem Ignatieva ideał zdrady własnej rasy ucieleśniał John Brown, biały przywódca buntu czarnych niewolników. Uważał, że rasizm jest największą przeszkodą, by robotnicy osiągnęli solidarność klasową. W swoich pracach inspirował się twórczością C.L.R.