Po powrocie Napoleona Bonaparte z Egiptu do Francji (9 października 1799) Bruix przystąpił do spisku, który miał obalić władzę nieudolnego i skompromitowanego Dyrektoriatu. W dniu 18 brumaire’a (9 listopada) 1799 Bruix towarzyszył Talleyrandowi, jednemu z głównych architektów zamachu stanu, by nakłonić do rezygnacji kierującego Dyrektoriatem Barrasa.
Po objęciu władzy przez Pierwszego Konsula, którym mianował się Bonaparte, Bruix był jednym z kandydatów na ministra marynarki, jednak ze względu na swój stan zdrowia (gruźlica) nie mógł podołać ciężkim pracom administracyjnym, jakich wymagał Napoleon. Niemniej, Bruix został dowódcą tzw. Floty Oceanu, zebranej w Bolougne, będącej częścią Armii Wybrzeży Oceanu, którą Napoleon utworzył celem inwazji na Wyspy Brytyjskie. Mimo zajmowanego stanowiska i poparcia dla polityki nowego władcy Francji, Bruix, a także inni admirałowie francuscy (m.in. Truguet, de Villeneuve) oraz nowy minister marynarki Denis Decrès, byli przeciwni planom inwazji, uznając, że obecna na Kanale La Manche flota brytyjska jest zbyt silna i stanowi przeszkodę nie do pokonania.