Trener 1 czerwca 1952 r. zadebiutował jako grający trener Kolejarza Ełk, w tym samym roku został również kierownikiem sekcji piłkarskiej klubu. W 1953 r. ukończył kurs instruktorski w Wałczu prowadzony przez trenera reprezentacji Polski Ryszarda Koncewicza i uzyskał uprawnienia trenera. W 1953 r. „Kolejarz” Ełk zwycięża w A-klasie oraz dochodzi do wojewódzkiego finału Pucharu Polski, gdzie przegrywa z Gwardią Białystok 3:4. W roku 1954 Stefan Marcinkiewicz jako zawodnik i trener staje się współautorem zwycięstwa "Kolejarza" Ełk w A-klasie i historycznego awansu do III ligi. 20.03.1955 Stefan Marcinkiewicz jako zawodnik "Kolejarza" Ełk rozegrał pierwszy mecz w III lidze: Kolejarz Ełk – AZS AWF Warszawa (2:2). W latach 1956–1958 r. S. Marcinkiewicz ponownie jest trenerem ełckiego klubu, który w 1955 r. znów zmienia nazwę na: Kolejowy Klub Sportowy „Mazur” Ełk. W 1956 r. Stefan Marcinkiewicz kończy karierę zawodniczą. Z danych zebranych przez kronikarza "Mazura" Ełk Andrzeja Janickiego, wynika, że rozegrał przynajmniej 121 ligowych meczów. W latach 1961–1968 zostaje etatowym szkoleniowcem "Mazura" Ełk, który odnosi w tym czasie swoje największe sukcesy. Cztery razy z rzędu w latach 1961-1965 wygrywa ligę okręgową i walczy o drugą ligę. Ogólnie w okresie prowadzenia drużyny przez trenera S. Marcinkiewicza w latach 60.