Początki wsi Pierwsza wzmianka o wsi pochodzi z urbarza bytomskiego, opracowanego w 1532 roku Już wtedy osada została określona jako „opuszczona”, co wskazuje, że jej rodowód sięga wcześniejszych stuleciNoparlik P., Ziemia bytomska..., s. 363-364.. U progu XVI wieku Jakubowice były wsią rycerską w posiadaniu Tomasza Bolcza. Za błędny należy uznać pojawiający się w literaturze pogląd, jakoby w 1498 roku wieś należała do Mikołaja Mieroszewskiego. Ten ród objął grunty jakubowickie dopiero w 2. połowie XVI wiekuBulla K., Noparlik P., Zaginiona wieś Jakubowice..., s. 250..
Opuszczenie wsi W literaturze przez lata błędne przyjmowano, jakoby wieś została zniszczona w styczniu 1588 roku w czasie tzw. wojen sukcesyjnych pomiędzy zwolennikami Maksymiliana III Habsburga a Janem Zamoyskim. W czasie tych walk ucierpiały prawdopodobnie inne Jakubowice, leżące w pobliżu ByczynyBulla K., Noparlik P., Zaginiona wieś Jakubowice..., 203-204.. Z kolei Jakubowice w ziemi bytomskiej opuszczono jeszcze przed 1532 rokiem, choć nieznane są przyczyny tego wydarzeniaNoparlik P., Ziemia Bytomska..., 115.. Wsi już nigdy nie odbudowano, a jej grunty włączono do sąsiednich folwarków i osad. Przez kolejne stulecia Jakubowice wzmiankowano jako puste.