Kos od początku był wiodącą postacią w swojej drużynie. Jego 30 meczów i dwie bramki pomogły drużynie w uplasowaniu się na siódmym miejscu w tabeli. Następny sezon to 28 meczów Polaka i znów siódme miejsce piłkarzy z Aue, którzy w kolejnych rozgrywkach uplasowali się na dziesiątym miejscu przy 25 meczach Tomasza Kosa. Sezon 2007/2008 był już jednak nieudany i Erzgebirge spadło z ligi, a w utrzymaniu nie pomogło nawet 30 meczów Kosa i strzelona przez niego bramka. Po spadku drużyny do 3. Ligi był jednym z nielicznych graczy, którzy przedłużyli umowę z klubem i został kapitanem zespołu. Pierwszy sezon w niższej klasie rozgrywkowej Kos zakończył z 35 meczami na koncie, a w drugim jako zdecydowany lider Erzgebirge miał znaczący wkład w awans do 2. Bundesligi. Sezon po powrocie do wyższej ligi piłkarze z Aue zakończyli na wysokim, piątym miejscu, jednak ich kapitan, nękany kontuzjami, rozegrał tylko 16 spotkań i postanowił o zakończeniu kariery. 8 maja 2011 roku został uroczyście pożegnany przez klub i kibiców.