Lata 90. XX w. W 1991 roku Gilberto powróciła do Nowego Jorku i zaczęła występować w klubach. Współpracowała z Davidem Byrne i Arto Lindsayem. W tym samym roku wzięła udział (razem z Gal Costą, Naná Vasconcelosem i Laurie Anderson) w koncercie zorganizowanym dla upamiętnienia Carmen Mirandy. Zaczęła uczestniczyć w realizacji nagrań będących połączeniem muzyki tanecznej z bossa novą. Wystąpiła jako wokalistka w hicie „Technova” japońskiego didzeja Towy Teiego, wydanym w 1995 roku jako maxi singel przez Elektra Records. W 1996 roku wraz z wieloletnim przyjacielem i współpracownikiem Cazuzą nagrała piosenkę „Preciso Dizer Que Te Amo”, która znalazła się na wydanej 15 października 1996 roku kompilacji Red Hot + Rio, dedykowanej Antôniowi Carlosowi Jobimowi, a wydanej w celu zwalczania AIDS na świecie. W 1998 roku pojawiła się jako wokalistka na singlu Thievery Corporation, „Só Com Você”. W tym samym roku wystąpiła w duecie z ojcem na koncercie w Carnegie Hall.