Jednocześnie od 1990 roku znów pomagał Michelsowi w pracy z drużyną narodową. Bliska znajomość z Michelsem umożliwiła mu w 1992 roku przejęcie po nim obowiązków trenera kadry. Chociaż początkowo miał ją prowadzić tylko w eliminacjach do Mundialu 1994, to – w dużej mierze dzięki wstawiennictwu Michelsa – pracował z nią także podczas mistrzostw, na których Pomarańczowi doszli do ćwierćfinału. W czasie kwalifikacji szkoleniowiec pożegnał się z doświadczonymi piłkarzami (Hans van Breukelen, Adrie van Tiggelen) i powoli wprowadzał do kadry młodych zawodników z Ajaksu Amsterdam. W grupie eliminacyjnej Holandia zajęła drugie miejsce, wyprzedzając m.in. Anglię, Polskę oraz Turcję, co oznaczało bezpośredni awans do turnieju. Na mistrzostwach Holendrzy przegrali w ćwierćfinale z późniejszymi triumfatorami Brazylijczykami, a niemal codziennie do prasy przedostawały się informacje, że w kadrze panuje fatalna atmosfera, a trener nie daje sobie rady z rozkapryszonymi i wykłócającymi się o wszystko zawodnikami. Niedługo po turnieju Advocaat złożył rezygnację, a misję budowy nowej reprezentacji przejął po nim Guus Hiddink.