Po wybuchu II wojny światowej w 1939 roku nie został zmobilizowany. W listopadzie tego samego roku, podróżując przez Węgry, Jugosławię i Włochy, przedostał się do Francji, gdzie wstąpił do Armii Polskiej we Francji, służąc w szeregach 2 Dywizji Strzelców Pieszych. W wyniku podpisania przez Francję separatystycznego zawieszenia broni z Niemcami, w dniach 19–20 czerwca 1940 roku jednostka ta przekroczyła granicę szwajcarską. Miazgowski znalazł się w gronie internowanych żołnierzy. Skorzystał z możliwości podjęcia studiów na uniwersytecie we Fryburgu, gdzie obronił rozprawę doktorską ze slawistyki (wydaną drukiem w 1945 roku). Angażował się w życie kulturalne w Szwajcarii, publikując w pismach internowanych („Goniec obozowy”, „Pamiętnik Literacki”) pod pseudonimem „Bezmir”. W tym okresie zaprzyjaźnił się z pisarzem Januszem Teodorem Dybowskim.
Okres powojenny i represje Do Polski powrócił w 1946 roku. Zatrudnił się w Ministerstwie Żeglugi, gdzie do 1949 roku pracował jako doradca ministra. W 1948 roku zawarł związek małżeński z obywatelką Szwajcarii, Claire Marnier.