Jako pilną potrzebę przedstawiano wówczas powiększenie szkoły lub przeniesienie do większego budynkuRok szkolny się zaczął [w:] IKAT. Ilustrowany Kurier Terenowy, 6 września 1994, s. 1, 3.
Od 1999 roku, w związku z reformą administracyjną połączoną z reformą w oświacie, szkoła zaczęła podlegać Starostwu Powiatowemu w Braniewie. W ostatnim okresie istnienia szkoła funkcjonowała pod nazwą „Zespół Szkół Ekonomicznych w Braniewie”, kontynuowała jednak ponadstuletnią tradycję rolniczą, prowadząc nauczanie na kierunkach: technik agrobiznesu oraz ogrodnik.
W 2002 szkoła informowała o następujących kierunkach nauki: liceum ogólnokształcące z oddziałem o poszerzonym programie nauki języków obcych oraz liceum profilowane o ukierunkowaniu ekonomiczno-administracyjnym i specjalnościach: rachunkowość, bankowość, administracja skarbowa, celna bądź terytorialna. Szkoła reklamowała się również bardzo dobrze wyposażonymi pracowniami: informatyczną, maszynopisania, matematyczną, geograficzną, historyczną oraz gabinetami językowymiBraniewo. Prezentujemy szkoły średnie. Zespół Szkół ekonomicznych, IKAT. Gazeta Braniewska, 26 kwietnia 2002, s. 3.