Niedługo potem Jan Zarębski objął stanowisko komendanta włocławskiego rejonu BOL, a jego zastępcą został Kazimierz Domeradzki. Siedzibę sztabu rejonu tej organizacji zorganizowano wówczas w mieszkaniu Zarębskich przy ulicy Biskupiej 11 we Włocławku. Działał również w Polskiej Armii Powstania (PAP), stojąc do połowy 1943 na czele komendy włocławskiego rejonu tej organizacji (stanowisko jego zastępcy piastował st. sierż. K. Domeradzki). Obaj zostali awansowani przez dowódcę PAP Edwarda Słowikowskiego (pseudonim „Biały Grot”) do rangi majora. W połowie 1943 grupa Zarębskiego opuściła struktury Polskiej Armii Powstania.
W sierpniu 1943 ukształtował się we Włocławku (po scaleniu Bojowej Organizacji Ludowej z Armią Krajową) zalążek sztabu komendy Inspektoratu Rejonowego Włocławek AK, w którym odpowiedzialnym za sprawy wojskowe uczyniono chor. Jana Zarębskiego „Stanisława”, odpowiadającym za szkolenie wojskowe został natomiast st. sierż. Kazimierz Domeradzki „Żbik”. Na wniosek mjr. Floriana Sokołowskiego (ps. „Wandalin”) obaj zostali mianowani do stopnia porucznika czasu wojny. Jan Zarębski został również członkiem sztabu Obwodu Włocławek AK. Od sierpnia 1943 siedzibą sztabu rejonu było mieszkanie Jana i Zofii Zarębskich przy ulicy Biskupiej 11. Punkty kontaktowe na terenie miasta i system łączności zorganizował por. cz. w.