Ostatecznie klub utworzono w 1 połowie 1946 roku, kiedy to 22 kwietnia przyjęto ostatecznie jego statut, który podpisało 15 członków klubu. Ustalono także barwy klubowe: czarno-biało-zielone oraz nadano mu oficjalną nazwę zaproponowaną przez Marian Stopińskiego – Klub Sportowy "Nisa". W tym samym roku powstała jako pierwsza sekcja piłki nożnej została zgłoszona do rozgrywek w Polskim Związku Piłki Nożnej. Ponadto zarząd klubu zdecydował się o przejęciu od władz miasta stadionu miejskiego położonego przy ulicy Jana KusocińskiegoHistoria MKS Nysy Kłodzko na oficjalnej stronie klubu. [on-line] [dostęp: 2021-01-23].
Do 1947 roku powstały kolejne sekcje sportowe: pływacka, siatkówki, narciarska, tenisa stołowego i piłki wodnej, która została zlikwidowana jeszcze tego samego roku. W kolejnych latach powstały kolejne sekcje: koszykówki i motorowa (1948) oraz bokserska i lekkoatletyczna (1949) w miejsce rozwiązanej sekcji narciarskiej. Dzięki ofiarności zawodników, jak i działaczy klubu, w czynie społecznym rozbudowano stadion sportowy.