W latach 2006–2013 5-kilometrowy odcinek Kanału Bydgoskiego wraz z 12-kilometrowym odcinkiem Brdy w ramach projektu „Bydgoski system wodny i kanalizacyjny II” został poddany bagrowaniu (usunięciu osadów dennych).
Walory przyrodnicze Dolina, w której płynie Kanał Bydgoski jest fragmentem korytarza ekologicznego o znaczeniu międzynarodowym (European Ecological Network), łączącym Dolinę Wisły z Doliną Odry. Wzdłuż pradoliny odbywa się migracja fauny i floryMarcysiak Katarzyna: Ochrona przyrody – Bydgoszcz i okolice. [w:] Banaszak Józef red.: Przyroda Bydgoszczy. Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, Bydgoszcz 2004. .. W krajobrazie dominują łąki, obfitujące w siedliska stwarzające dobre warunki dla lęgu ptaków. Kanał Bydgoski przepływa przez dwa obszary chronione w sieci Natura 2000: Nazwa Symbol Typ Pow.[ha] Uwagi Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego PLB300001 OSO 32672 Obejmuje część Pradoliny Noteci-Warty między Ujściem, a Bydgoszczą. Obszar służy ochronie awifauny. W obrębie obszaru znajdują się dwie ostoje ptaków o randze europejskiej: E37 (Stawy Ostrówek i Smogulec) i E38 (Stawy Ślesin i Występ), gdzie do lęgów przystępuje m.in. 20 gatunków zagrożonych w skali całej UEProgram Ochrony Środowiska dla miasta Bydgoszczy na lata 2013–2016 z perspektywą do 2020 roku.