W celu utrzymania historycznej stylistyki, cały instrument otrzymał zieloną marmoryzację, z elementami złotych i srebrnych dekoracji. W efekcie, prospekt prezentuje się jako późnobarokowy, architektoniczny, piętnastoosiowy, dwusekcyjny, z pozytywem wbudowanym wtórnie, centralnie pomiędzy szafy organowe. Zachowane zostały autentyczne herby, które wieńczą obie szafy organowe – herb lewy należy do Uniwersytetu Jagiellońskiego, zaś prawy, herb Szeliga, pochodzi od zleceniodawcy budowy pierwszych organów, Grzegorza Ochabowicza.
W latach 90. XX wieku Lech Skoczylas, krakowski organmistrz, dokonał czyszczenia i strojenia organów, w wolne miejsce w wiatrownicy II manuału dostawił głos Tercja 1, jak również zamontował nowy miech i cichobieżną dmuchawę na chórze. W listopadzie 2000 roku Fryderyk i Łukasz Kmiecikowie zamontowali połączenie II/P, oraz usprawnili istniejące połączenia, poprzez uniezależnienie połączenia I/P od II/I. W 2002 roku Łukasz Kmiecik zamontował wiatrownicę mechaniczną zamiast dotychczasowej pneumatycznej, będącej „dostawką” z lat 60. XX wieku.