Instrument został ufundowany przez ówczesnego prepozyta Kolegiaty św. Anny w Krakowie, ks. Grzegorza Ochabowicza. Koszt organów wyniósł 5000 złotych, lecz przypuszcza się, że ta stosunkowo wysoka suma zawiera w sobie zarówno wynagrodzenie dla organmistrza jak i dla twórcy wykonanego w 1728 roku wystroju plastycznego, którym był najprawdopodobniej działający w Małopolsce rzeźbiarz Antoni Frączkiewicz. Ze względu na osobę fundatora, na szczycie jednej z szaf organowych umieszczony jest herb rodu Szeliga, należący do Ochabowicza wraz z jego monogramem. Analogicznie, na drugiej szafie organowej znajduje się herb i monogram Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Początkowo organy składały się z trzech zasadniczych sekcji: sekcja manuału – jej piszczałki znajdowały się w jednej z dwóch bliźniaczych szaf organowych, sekcja pedału – jej piszczałki znajdowały się w drugiej z wspomnianych dwóch bliźniaczych szaf organowych, sekcja – była ona odrębna od wymienionych powyżej, a jej piszczałki znajdowały się na balustradzie chóru muzycznego.