Podczas drugiej wojny światowej Herter był dyrektorem nazistowsko-niemieckiej serii wydawniczej „Veröffentlichungen der Staatlichen Botanischen Anstalten des Generalgouvernements”. Jego reputację zepsuł trzyletni okres spędzony w okupowanej Polsce. W 1940 r. został dyrektorem Instytutu Botaniki Uniwersytetu Jagiellońskiego. Miał naiwną nadzieję, że Polacy zaakceptują go jako jednego ze swoich, gdyż jednym z jego przodków był znany polski malarz Daniel Chodowiecki. Tak się nie stało i był postrzegany jako emisariusz faszystowskich okupantów.

W 1944 roku, gdy Niemcy zostali z Polski wypędzeni, Herter uciekł z Krakowa i zamieszkał w Greifswaldzie, potem przeniósł się do miejscowości Stara Boleslav koło Pragi, gdzie został mianowany szefem Instytutu Hodowli Rzeszy i profesorem na wydziale nauk przyrodniczych Niemieckiego Uniwersytetu w Pradze. W 1946 r. udało mu się przedostać do Urugwaju. Sytuacja polityczna jednak zmieniła się i został tu powitany niechętnie. Aby się utrzymać musiał sprzedawać swoje kolekcje biologiczne. W wieku 65 lat rząd Urugwaju przyznał mu jednak emeryturę i mianował go konsulem honorowym w Bernie w Szwajcarii. Od 1951 do 1954 r. mieszkał w Bazylei kontynuując pisanie artykułów o grzybach Urugwaju. W 1954 r.