Przed głównym lądowaniem w kolonach brytyjskich alianci podjęli szereg operacji zwiadowczych pod kryptonimami Agas (Borneo Północne) i Semut (Sarawak); Operacje te miały również na celu uzbrojenie, szkolenie i zorganizowanie lokalnej ludności do podjęcia wojny partyzanckiej przeciwko Japończykom w celu wsparcia operacji konwencjonalnych.
Japończycy zaczęli przygotowywać się do obrony Borneo od połowy 1944 roku, gdy siły alianckie szybko posuwały się w kierunku wyspy. Na Borneo zostały wysłane japońskie posiłki, ale dotarły dopiero między wrześniem a listopadem tego roku. Pod koniec 1944 roku japońskie dowództwo uznało, że siły australijskie prawdopodobnie zaatakują obszar Brunei, a następnie zdobędą zachodnie wybrzeże Borneo w ramach kampanii mającej na celu wyzwolenie Singapuru. W związku z tym większość jednostek japońskich w północno-wschodnim Borneo otrzymała rozkaz przeniesienia się drogą lądową na zachodnie wybrzeże;