W operacjach brała udział także niewielka liczba personelu holenderskiego. Do początkowych desantów kampanii przydzielono ponad 74 000 żołnierzy alianckich. Większość wsparcia logistycznego zapewniły Stany Zjednoczone, zwłaszcza transport morski potrzebny do transportu ogromnych ilości żołnierzy, zapasów i sprzętu potrzebnego do operacji.
Siłom alianckim stawiały opór oddziały Cesarskiej Armii Japońskiej i Cesarskiej Marynarki Wojennej na południowym i wschodnim Borneo pod dowództwem wiceadm. Michiaki Kamady, a na północnym zachodzie przez 37 Armię dowodzoną przez gen. por. Masao Babę z siedzibą w Jesselton. Głównymi elementami 37 Armii były 56 Samodzielna Brygada Mieszana (północne Borneo), 71 Samodzielna Brygada Mieszana (południowe Borneo) i 25 Samodzielny Pułk Mieszany; jednostki te zostały przeniesione z Japonii w drugiej połowie 1944 roku i przybyły na Borneo pod koniec tego samego roku. Na wyspie stacjonował również 2 Oddział Gwardii Cesarskiej Marynarki Wojennej. Wywiad aliancki oszacował, że na Borneo stacjonowało około 32 000 żołnierzy japońskich, z czego tylko 15 000 to siły bojowe.