Już wtedy przeniósł się na parter starego budynku muzeum na Příkopach, gdzie w pokoju przygotowanym z byłego składziku na wózki, spędził 14 lat jako kustosz, preparator i obsługa muzeum.

Zgodnie z wolą ojca zapisał się na wydział prawa Uniwersytetu Karola w Pradze (wtedy Karlo-Ferdinandova univerzita), ale po trzech latach, w roku 1854, przeniósł się na wydział lekarski. Jedną z jego pierwszych zagranicznych podróży o charakterze naukowym/przyrodniczym były odwiedziny Banatu, skąd w roku 1853 przywiózł wiele eksponatów. W roku 1860 ukończył szkołę lekarską, a rok później stał się asystentem J. E. Purkyněgo. W latach 1861–1867 swoje zainteresowania naukowe skierował w stronę paleontologii. W roku 1863 ukończył habilitację na wydziale lekarskim w zakresie anatomii i fizjologii porównawczej. W latach 1873–1906 był redaktorem czasopisma „Vesmír”. W roku 1882 przy podziale uniwersytetu na część czeską i niemiecką zapobiegł podziałowi zbioru zoologicznego. Dzięki jego interwencji w roku 1883 Muzeum Narodowemu udało się zyskać dziedzictwo Barrandowa w postaci zbioru paleontologicznego. W roku 1890 został pełnoprawnym członkiem Czeskiej Akademii Nauk. W roku 1899 odbył podróż do Ameryki, przede wszystkim w celu zbadania stonóg.