Dopiero gdy w Nagasaki wybudowano pierwszy po okresie prześladowań kościół katolicki (Bazylika 26 męczenników japońskich), w 1865 japońscy „ukryci chrześcijanie” zaczęli publicznie ujawniać swoją wiarę. W 1859 przybyli do Japonii pierwsi protestanccy misjonarze, którzy wraz z misjonarzami i zakonami katolickimi rozpoczęli ponowną ewangelizację kraju. Konstytucja Meiji w 1890 roku zalegalizowała chrześcijaństwo. W latach 20. i 30. XX wieku nastąpił znaczny wzrost konwersji na wyznania protestanckie i katolicyzm. Powstały liczne instytucje religijneMark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies. Section 5 'Japan'”, BRILL, 2003, s. 20–35, ..
Obowiązująca obecnie Konstytucja Japonii z 1946 roku (weszła w życie 3 maja 1947) potwierdza równość wszystkich religii, wolność wyznania i konwersji. Chrześcijaństwo jest stałym, chociaż marginalnym zjawiskiem w Japonii, bardziej widocznym w sferze kulturowej i komercyjnej (np. śluby, Boże Narodzenie), niż religijnej. Współcześnie (2003) w Japonii jest ok. 510 tys. katolików, ok. 30 tys. wyznawców prawosławia, ponad 214 tys. Świadków Jehowy i ponad 120 tys. mormonów. Ogółem liczba chrześcijan wynosi ok. 2 mln osób, czyli 1% ludności JaponiiMark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies.