Pierwszy portugalski statek przybywa do Nagasaki. 1576 – pierwszy kościół (namban-dera) pw. Wniebowzięcia NMP powstał w stolicy cesarskiej Kioto. 1580 – jezuita Alessandro Valignano zakłada pierwsze seminarium duchowne, instytut szkolenia japońskich księży i zakonników w Arimie. Sumitada Ōmura ceduje Nagasaki i Mogi na Towarzystwo Jezusowe. 1582 – poselstwo japońskich katolików (Misja Tenshō) wypływa statkiem handlowym z Nagasaki do Rzymu, do papieża. 1584 – Harunobu Arima ceduje Urakami na Towarzystwo Jezusowe.
Prześladowania religijne 1587 – Sumitada Ōmura umiera. Wzrasta wrogość wobec misjonarzy, podejrzewanych o szpiegostwo i szerzenie imperializmu europejskiego. Siogun Hideyoshi Toyotomi uznaje chrześcijaństwo za zagrożenie i wydaje pierwszy rozkaz deportacji misjonarzy katolickich z Japonii. Kościół w Kioto, jak wiele innych, zostaje zniszczony. 1588 – Toyotomi obejmuje Nagasaki swoją bezpośrednią kontrolą i konfiskuje cały majątek kościelny. 1590 – misja Tenshō wraca z Rzymu do Nagasaki.