w tym czasie pilot mjr Witold Urbanowicz (znany jako dowódca Dywizjonu 303) zestrzelił kilka japońskich samolotów latając nad Azją w Amerykańskiej Grupie Ochotniczej (tzw. „Latających Tygrysach”). W latach 1940–1945 trwała japońsko-polska współpraca pomiędzy wywiadami wojskowymi (mimo iż oba kraje należały do przeciwnych obozów) w dziedzinie kryptologii i wywiadu skierowanego na ZSRR i III Rzeszę. Chiune Sugihara i por. Leszek Daszkiewicz działali w Kownie i Królewcu, a gen. Onodera Makoto i mjr Michał Rybikowski w Sztokholmie.
Japoński dyplomata Chiune Sugihara podczas II wojny światowej, latem 1940 jako wicekonsul w Kownie wystawiał wizy tranzytowe bez ograniczeń m.in. Żydom z polskim obywatelstwem, dzięki czemu mogli oni uciec przez Japonię do USA i innych krajów. W sumie Sugihara wystawił 2139 wiz rodzinnych, co umożliwiło ocalenie kilku tysięcy osób. Pośmiertnie Sugihara został uhonorowany wysokimi odznaczeniami polskimi i litewskim Krzyżem Ratowania Ginących, a przed śmiercią także japońskim Orderem Świętego Skarbu i izraelskim odznaczeniem Sprawiedliwego wśród Narodów Świata.
1945-1989 Po wojnie Japonia uznała PRL i 8 II 1957 został podpisany Układ o przywróceniu normalnych stosunków między Japonią a Polską Rzeczpospolitą Ludową.